冯道根，字巨基，是广平酂县人。他年幼时就失去了父亲，家境贫寒，只能依靠帮工和租赁来养活母亲。每当在路上遇到好吃的食物，他都不敢先吃，而是急忙回家献给母亲。

冯道根十三岁时，就因孝顺而在乡里闻名。郡里曾经召他担任主簿，但他推辞不受。十六岁时，同乡的蔡道斑任潮阳成主，蔡道斑攻打蛮、锡城时，反而被蛮人围困。冯道根前去解救他，他单枪匹马左右冲杀，杀伤了很多敌人，使得蔡道斑得以幸免于难，冯道根因此开始知名。

齐朝建武末年，魏朝皇帝拓跋宏侵犯并攻陷了南阳等五郡。齐明帝派太尉陈显达率众军去收复这些地方。当部队进入沟口时，冯道根和乡人们用酒肉犒劳陈军，并劝说陈显达：“沟水急流，前进困难而后退容易。如果魏军守住了险要之处，那么我们的首尾都会陷入危险。不如将船舰全部留在酂城，我们并行前进，依次建立营寨，击鼓前进。这样的话，我们就可以很快攻破魏军。”但陈显达没有听从他的建议。冯道根还派自己的朋友跟随部队。后来陈显达被魏军击败，士兵们在夜里逃亡，很多人不熟悉山路；冯道根每到险要之地，就停下来为士兵们指路，众人因他而得以保全。不久，冯道根被任命为防守沟水的副帅。

齐永元年间，因为母亲去世，冯道根回到了家乡。听说梁武帝萧衍建立了义师，他便对亲友说：“战争之时，礼节可以有所省略，古人也不避讳这些。能够扬名后世，这不就是孝顺吗？时机不可丧失，我要走了。”冯道根带领着能打仗的乡里子弟，全部归附了梁武帝萧衍。当时蔡道福也跟随梁武帝萧衍担任将领，梁武帝萧衍派冯道根担任副帅，他们都隶属于王茂。

王茂攻打野城和加湖时，冯道根常常冲锋陷阵。恰逢蔡道福在军中去世，梁武帝萧衍命令冯道根一并统帅众军。大军驻扎在新林时，冯道根跟随王茂在朱雀航发动大战，斩杀的敌人、获得的器械特别多。梁武帝萧衍即位后，委任冯道根为骁骑将军，历任云骑将军、信武将军、右卫将军等职位，并担任历阳、新兴等郡的太守，两次出任豫州刺史，累官至散骑常侍、左军将军，被封为豫宁县伯。